মধুখালীর উল্লেখযোগ্য নদী মধুমতি, চন্দনা। মধুমতির উৎপত্তি কুষ্টিয়ার কাছে পদ্মা নদী হতে । এটি মধুখালী, বোয়ালমারী , গোপালগঞ্জ দিয়ে প্রবাহিত হয়ে দক্ষিনে বঙ্গপসাগরে মিলেছে। এক সময় এ নদীই ছিল যোগাযোগের প্রধান মাধ্যম। বর্তমানেও এ নদীর মাধ্যমে একস্থান থেকে অন্যস্থানে মালামাল পার করা হয়। অন্য দিকে চন্দনা নদী মধুমতি নদীর একটি শাখা নদী।
মধুখালী উপজেলায় অনেকগুলো নদী আছে। সেগুলো হচ্ছে গড়াই নদী, মধুমতি নদী, কুমার নদী (ফরিদপুর-গোপালগঞ্জ), চন্দনা-বারাশিয়া নদী এবং পরুষালী নদী।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস